Persecución, amenazas y asesinatos contra miembros del GAM
A partir de la consolidación del GAM como una organización civil, sus integrantes fueron víctimas de la violencia del Estado y sufrieron persecuciones, intimidaciones y amenazas directas. El Estado descalificaba y minimizaba la búsqueda de las y los desaparecidos y las exigencias de justicia y verdad; altos funcionarios del gobierno criticaron y acusaron a la organización de ser parte de un movimiento subversivo y les amenazaron con desaparecer a quienes cooperaran con el GAM.
En 1985, el gobernador departamental de Guatemala llamó a cuatro miembros del GAM, Nineth Montenegro, María del Rosario Godoy de Cuevas, Isabel Choxóm de Castañon y Aura Elena Farfán, para amenazarles si no terminaban con las protestas del GAM en su contra.
Las amenazas contra los integrantes del GAM se hicieron realidad. El 30 de marzo de 1985, Héctor Gómez Calito, el vocero de la organización fue secuestrado, y posteriormente, asesinado. Su cuerpo se encontró en las inmediaciones del parque Naciones Unidas, en Amatitlán y presentaba señales evidentes de tortura.
La violencia había escalado y las voces contrarias al GAM cumplían sus amenazas. Cinco días después del artero asesinato de Gómez Calito, el 4 de abril, era asesinada María del Rosario Godoy de Cuevas, vicepresidenta del GAM. Ella, junto con su hijo de dos años, Augusto Rafael Cuevas Godoy, y su hermano de 21 años, Maynor René Godoy fueron secuestrados, torturados y asesinados. Sus cuerpos fueron encontrados en el vehículo que ella conducía en las inmediaciones de la carretera de Boca del Monte en Villa Canales.
María Rosario Godoy de Cuevas era una de las lideresas más destacadas del GAM. Ella había sido fundadora de la organización y su búsqueda estaba enfocada en encontrar a su esposo, Carlos Ernesto Cuevas Molina, quien había desaparecido junto con otros miembros de la Asociación de Estudiantes Universitarios (AEU) de la Universidad de San Carlos de Guatemala (USAC), el 15 de mayo de 1984.
Los asesinatos de Héctor Gómez Calito y de María del Rosario Godoy de Cuevas fueron un intento del Estado para disolver el GAM. En las investigaciones posteriores, se encontraron documentos periciales en donde se ordenaba la eliminación de la dirigencia del GAM para acabar con las protestas por los desaparecidos. A pesar del dolor, del trauma y del miedo ante los asesinatos, el GAM continúo con sus acciones.
A los asesinatos le siguieron nuevos intentos de callar la voz del GAM. En 1988 y 1993 las sedes del GAM fue objeto de ataques de bomba, más muertes y desapariciones forzadas de varios de sus integrantes. Se estima que durante los primeros 15 años de existencia del GAM, al menos 60 integrantes fueron asesinados y 28 desaparecidos. En todo el territorio nacional, los integrantes del GAM recibieron amenazas de muerte de manera sistemática.